Theo sách đỏ Việt Nam từ năm 2000 đến 2004, cho rằng chi Tragulus chỉ gồm 2 loài, danh pháp Tragulus javanicus được dành cho cheo cheo Nam Dương, ghi chép phân bố trên khắp lãnh thổ Việt Nam, trải dài từ Lạng Sơn đến Tây Ninh.[3]

Tuy nhiên, từ năm 2004 đến nay, phân loại sinh học thay đổi, giới khoa học phân chia chi Tragulus thành 6 loài khác nhau, danh pháp T. javanicus được chuyển sang dành cho cheo cheo Java, không còn dành cho cheo cheo Nam Dương. Sách đỏ thế giới IUCN công nhận loài T. javanicus chỉ phân bố trên đảo Java.[5]

Trong báo cáo công bố năm 2004 của Meijaard E. và Groves C. P., ghi nhận tại Việt Nam có 2 loài là:

• T. kanchil (thuộc nhóm loài T. javanicus), nhưng trong nhóm này thì loài T. javanicus chỉ phân bố hạn chế trên đảo Java.[5]
• T. versicolor (theo truyền thống thường xem là phân loài của T. napu). Sinh sống tại Khánh Hòa, đặc hữu Việt Nam. Điểm cần lưu ý, theo các tác giả thì T. versicolor khác biệt so với cả hai nhóm loài T. napu và T. javanicus.[6]

Cuốn Danh lục các loài thú hoang dã Việt Nam (2008) ghi nhận có 2 loài cheo cheo Nam Dương (Tragulus kanchil) và cheo cheo Việt Nam (Tragulus versicolor) với chú thích các sách của Việt Nam trước đây đã định danh cheo cheo Nam Dương là Tragulus javanicus, đồng nghĩa với Tragulus kanchil nhưng bây giờ đó là 2 loài khác nhau.